Fróðskaparsetur Føroya er ein almennur stovnur, sum virkar óheftur av politisku skipanini.

Lógin fyri Fróðskaparsetrið ásetir at:
"Fróðskaparsetur Føroya verður stjórnað av einum stýri. Rektarin leiðir Fróðskaparsetur Føroya innan karmar, sum stýrið ásetur."

Stýrið hevur góðkent tveir arbeiðssetningar, sum snúgva seg um ávikavist arbeiðið 
við strategi og bygnaðarligu møguleikarnar á Setrinum. Lesið meir um hetta á síðuni um bygnaðarbroytingar.

Stýrið er evsti myndugleiki, og hevur ábyrgdina av virksemi Setursins mótvegis landsstýrismanninum. Stýrið setir í starv og loysir úr starvi rektara, dekanar og fyrisitingarstjóra.

Rektari er Sigurd í Jákupsstovu, sum er í starvi  í eitt 5 ára skeið setur frá 1. september 2011.

Leiðslan á Fróðskaparsetur Føroya

Talan er um tvær megindeildir: Megindeildin fyri hugvísindi, samfelagsvísindi og námsvísindi har Malan Marnersdóttir er sett sum dekanur og Megindeildin fyri náttúruvísindi og heilsuvísindi og har Hans Pauli Joensen er settur dekanur. 

Undir Megindeildin fyri hugvísindi, samfelagsvísindi og námsvísindi eru 3 deildir:

• Føroyamálsdeildin har Jógvan í Lon er settur deildarleiðari
• Læraraskúlin har Janus jensen er settur deildarleiðari
• Søgu- og samfelasdeildin har Hans Andrias Sølverá er settur deildarleiðari

Undir Megindeildin fyri náttúruvísindi og heilsuvísindi eru 2 deildir:

• Náttúruvísindadeildin har Hannes Gislason settur deildarleiðari
• Sjúkrarøktarfrøðiskúlin har Súsanna M. Mortensen sett deildarleiðari

 
Meginfyrisitingin er á Setursskrivstovuni har Jørgen Meitilberg er fyrisetingarstjóri.