At elta smittuslóðir

Vanligt er at spyrja fólk, hvønn tey hava verið saman við fyri at smittuspora. Men við at kanna genetisku frávikini í virussinum hjá einstøkum sjúklingum fæst eitt neyvari amboð

At fáa staðfest, hvør hevur smittað hvønn, er sera týdningarmikið í strembanini eftir at fáa tamarhald á covid-19-sjúkuni.

Hetta kallast smittusporing, og tað merkir, at tey, sum kanska hava verið í smittuvanda, verða eyðmerkt, kannað og síðani møguliga sett í sóttarhald.

Smittusporing er eisini hent, tí at elta smittuslóðir kann geva okkum betri fatan av, hvussu koronuviorussið gongur, og tað gevur so aftur betri førleika at avmarka smittuna.

Smittusporting verður vanliga gjørd á tann hátt, at tosað verður við tann smittaða fyri at fáa staðfest, hvar viðkomandi hevur verið, og hvønn viðkomandi hevur verið saman við.

Tó er hetta ikki altíð nøktandi fyri at fáa nóg góða smittuslóð. Eitt annað amboð, sum verður brúkt, er at gera genomkanningar av teimum koronuvirussum, sum hava smittað fólk.

Frávikini avdúka slóðina

Genomið hjá virussi broytist, sohvørt viruskyknubýti fer fram. Hetta merkir, at frávik eru millum koronuvirus. Tí kunnu vit síggja, hvussu koronuvirussið hevur gingið við at samanbera genomini, sum eru funnin í ymiskum persónum, og gera ættartræ, sum vísir, hvussu ymsu variantarnir av koronuvirussi eru í ætt hvør við annan.

Hetta ljóðar einfalt, men tað er tað ikki.

SARS-CoV-2, sum er vísindaliga navnið fyri slagið av koronuvirussi, sum elvir til covid-19, hevur umleið 30.000 nukleobasar, so tað er ikki bara at siga tað at skula gera ættartræ við at samanbera genomini frá ymsum koronuroyndum. Tí verða teldualgoritmur og hagfrøðiligir hættir brúktir til arbeiðið. Tað sama er galdandi, tá eitt nú ættartræið hjá mannaættini skal gerast.

Við at brúka hesar mannagongdir eru annars ókendar smittuslóðir funnar, og betri fatan er fingin til vega um, hvussu koronusmittan hevur gingið. Hetta hevur givið betri vitan um koronuvirussið og covid-19-farsóttina.

Frá genomi til ættartræ

Tá ættartræ verður gjørt, grundað á genom frá ymsum einstaklingum, verður tað vanliga gjørt eftir hesum trimum stigum

1. Tillaging av genomsekvensum
2. Staðfesting av, hvussu stór frávik eru millum genom frá tveimum keldum
3. Leitan eftir tí ættartræi, sum mest sannlíkt er grundin til staðfestu frávikini millum genomini.

1. Tillaging av genomsekvensum

Genomið hjá SARS-CoV-2 hevur umleið 30.000 nukleobasar. Í RNA-num í genominum hjá SARS-CoV-2 eru fýra ymisk sløg av nukleobasum: cytosin, guanin, adenin og uracil. Tí kunnu vit lýsa genomið hjá koronuvirussi sum ein sekvens av C'um, G'um, A'um og U'um.

Tá samanberingar skulu gerast millum genomini í ymsu sløgunum av SARS-CoV-2, kunnu tær tí gerast við at samanbera sekvensirnar av C'um, G'um, A'um og U'um, sum hoyra til.

Mangan eru sekvensirnir tó ófullfíggjaðir ella hava ymsa longd. Tí er ikki nóg mikið at samanbera bókstav fyri bókstav. Ístaðin verða teldualgoritmur brúktar til at leggja millumrúm aftrat teimum sekvensum, sum verða kannaðir, soleiðis, at teir bókstavir, sum mest sannlíkt samsvara, fáa somu staðseting í øllum sekvensum.

2. Frávik millum genom

Tá genomsekvensirnir eru tillagaðir, ber til at kanna, hvussu stór frávik eru millum genomini í tveimum royndum. Hetta verður gjørt við at samanbera tillagaðu genomsekvensirnar fyri teir variantar, sum kannast skulu. Hetta gevur eitt tal, sum sigur, hvussu genomini undir luppinnum víkja frá hvørt frá øðrum. Talið verður mangan kallað “genetiska frástøðan”. Jú størri hon er, tess størri eru frávikini millum genomini.

Tá genetiska frástøðan er staðfest á øllum genomunum í eini kanning, kunnu teldualgoritmur gera ein myndil, sum vísir frástøðuna. Genom, sum líkjast nógv, eru staðsett tætt hvørt við annað.

3. Leitan eftir mest sannlíka ættartrænum

Við myndlinum av genetisku frástøðunum ber til at gera eitt ættartræ, sum vísir, hvussu kannaðu variantarnir í SARS-CoV-2 eru ættaðir hvør við annan. Vanliga fært tú teldualgoritmu at finna tað ættartræið, sum mest sannlíkt er grundin til tær genetisku frástøðurnar, ið eru staðfestar. Harafturat ber til at leggja upplýsingar afturat um, hvar og nær variantarnir í SARS-CoV-2 eru staðfestir, og upplýsingar um frammanundan kendar smittuslóðir.

Lesið eisini samrøðu við Debes Christiansen, sum hevur Covid-19-genomini undir sínum luppi, her.

Brynhild Thomsen týddi úr donskum